El art. 35.4 del TRLIS de 2004, prevé que las empresas puedan pedir un informe al Ministerio de Ciencia e Innovación (MCIN) para la deducción fiscal por innovación tecnológica. Ese informe, según la ley, es vinculante para la Administración tributaria. Dados sus términos, el informe vincula a la Administración, aquí a la AEAT, en todos sus aspectos, es decir, no solo en lo referente a la calificación del proyecto como integrante de tal innovación tecnológica, sino también en las inversiones y gastos que, presentados por las empresas, hayan sido evaluados de forma positiva.
En particular, tales informes vinculantes no pueden ser rebatidos ni ignorados por los órganos de la Administración tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal, ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto o proyectos y acompañados a la consulta.
Basta con considerar que el informe vinculante -para la Administración- del art. 35.4 TRLIS, incorpora todos los elementos precisos para que la sociedad pueda aplicar la deducción en la cuota del impuesto sin temor a ser corregida por ulteriores opiniones de los órganos internos de la Administración.
La razón fundamental por la que se anulan las sentencias de la Audiencia Nacional radica en la aceptación incondicionada de la tesis que sustentó en el proceso la AEAT, teniendo en cuenta que, partiendo de esa naturaleza vinculante del informe del MCIN, que la Administración debe respetar, nada puede ser y no ser al mismo tiempo, lo que traducido a las características de estos asuntos, significa que la misma Administración, a través de sus distintos órganos y dependencias, no puede sostener que una actividad constituye innovación tecnológica y no lo constituye; que una deducción fiscal es procedente y, a un tiempo, no lo es; que un informe que la ley reputa vinculante, sin límites, no es vinculante porque puede ser privado de su valor y eficacia.
El Tribunal Supremo debía decidir también si puede la AEAT, al comprobar la deducción por innovación tecnológica, neutralizar el valor probatorio de ese dictamen vinculante del MCIN, al margen de su efectivo alcance y efectos, mediante un documento interno de sus propios funcionarios -del Equipo mencionado, EAI- que no ha sido presentado por la Administración como prueba pericial en el proceso ni sometido a contradicción de las partes en ese proceso.
El enfoque de esta cuestión atiende principalmente al modo de crear la Administración la prueba, o autoprueba, porque elimina el valor vinculante del informe. En relación con esta cuestión, el TS afirma:
a) Un dictamen de la Administración que reconoce un derecho -como el de que un proyecto es innovación tecnológica y la inversión efectuada debe poder deducirse en la cuota del impuesto- que es vinculante por la Ley para la Administración emisora -en un sentido amplio y omnicomprensivo-, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de la propia Administración.
b) Aun cuando tal contradicción, en casos sumamente excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica -que en este caso no concurren- pudiera ser aducida por la AEAT mediante prueba, no es aceptable la prueba autocreada en el seno de sus dependencias internas.
c) En tales condiciones, esto es, aun cuando se aceptara a efectos dialécticos que es posible tal prueba, no puede revestir la forma de prueba meramente documental ni ser presentada a un Tribunal de justicia entre los documentos que se integran en el expediente administrativo.
d) En particular, el informe del EAI no procede de un órgano independiente de la AEAT, ni está a cargo de funcionarios que posean un margen de independencia o autonomía funcional que les haga imparciales en sus conclusiones, máxime cuando contradicen un informe vinculante.
e) Dicho EAI no consta, más bien se deduce lo contrario de la resolución que lo crea -de 26 de diciembre de 2005, de la Presidencia de la AEAT-, que posea conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, sobre los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción y, en suma, sobre el acierto o desacierto de un informe especializado de un Ministerio competente en materia de ciencia al que la ley le atribuye carácter vinculante para la Administración.
Las tres sentencias estiman los respectivos recursos de casación, anulan las sentencias de la Audiencia Nacional y declaran nulas las liquidaciones que fueron recurridas ante ella en su día -las que negaron la deducción por innovación tecnológica en el Impuesto sobre Sociedades. Además, reconocen a las sociedades recurrentes el derecho a la deducción fiscal por actividades de innovación tecnológica, declarada por ellas en sus autoliquidaciones.
