Nacido el 7 de diciembre de 1962 en Málaga, Francisco Jiménez-Villarejo, casado y con ocho hijos, es licenciado en Derecho por la Universidad de Navarra e ingresó en 1989 en la Carrera Fiscal. Entre 2005 y 2010 fue vocal electo del Consejo Fiscal.
Ha estado destinado en la Fiscalía Provincial de Sevilla y en la Fiscalía Superior de Baleares. Desde 2001 está destinado en la Fiscalía Provincial de Málaga, en la que en 2006 fue nombrado fiscal delegado de la Fiscalía contra la Corrupción y el Crimen Organizado en la Fiscalía Provincial de Málaga.
En esta misma Fiscalía, en la que desde mayo de 2012 actúa como fiscal delegado de Cooperación Internacional, ha desarrollado funciones en el campo de la cooperación internacional en materia penal, primero como punto de contacto de la Red de Fiscales de Cooperación Internacional y desde 2004 como punto de contacto de la Red Judicial Europea.