"...TERCERO.- Planteándose el debate en los términos expuestos, hemos de concluir que asiste la razón a la Administración recurrente, por las siguientes razones:
1ª) Nuestra jurisprudencia, de la que son exponentes, además de la sentencia reproducida por la de instancia, las de 23 de mayo de 2011 (casación 2095/2008; ES:TS:2011:3230) y 30 de mayo de 2011 (casación 3323/2008; ES:TS:2011:3731), ha resuelto, teniendo en cuenta además el principio de neutralidad del impuesto sobre el valor añadido, que, una vez caducado el derecho a deducir mediante compensación en las declaraciones-liquidaciones posteriores, el sujeto pasivo tiene derecho a obtener en el plazo de prescripción la "devolución" del remanente que quede a su favor. Aquí, sin embargo, ocurre al revés: se pidió la devolución en 2004 y en 2008 se interesa la compensación mediante deducción. La jurisprudencia que cita la sentencia impugnada no resulta, por tanto, aplicable para zanjar el litigio, pues se refiere al supuesto inverso al que ahora se suscita. Siendo así, no le falta razón a la Administración del Estado cuando denuncia que ha infringido el artículo 99.5 de la Ley 37/1992 (EDL 1992/17907), que establece un plazo de cuatro años a partir de la declaración-liquidación para interesar la compensación, pudiendo optar por la devolución, sin que, en tal caso pueda efectuar su compensación en declaraciones-liquidaciones posteriores.
2ª) La Sala de instancia desconoce la santidad de la cosa juzgada e infringe el artículo 222 de la Ley de Enjuiciamiento civil (EDL 2000/77463) al ordenar la compensación en 2008, con un resultado a devolver de 3.568.201,69 euros, que toma en consideración una cuota negativa de 3.577.095,80 euros en 2004, pese a existir un acto administrativo, ratificado por sentencia firme, que declara que en dicho ejercicio el saldo era de cero euros. Es cierto que en aquel litigio se discutía si Ciener era a la sazón una "gran empresa" a los efectos del impuesto sobre el valor añadido, debiendo declarar por el régimen de volumen de operaciones previsto en el artículo 27.1.2ª del Concierto Económico con el País Vasco, llegándose a la conclusión firme de que no había acreditado serlo durante el ejercicio 2004. Pero no cabe olvidar que tal circunstancia constituía el presupuesto para tributar del indicado modo y, por consiguiente, para reclamar a la Hacienda del Estado la devolución de las cuotas ingresadas en la misma en exceso de las repercutidas. La firmeza de la sentencia de la Audiencia Nacional, por desistimiento del recurso de casación interpuesto, conlleva la del acto de la Administración del Estado que afirmó que la cuota a devolver por el mencionado ejercicio era "0" porque Ciener debía tributar íntegramente durante dicho periodo ante la Hacienda Foral de Bizkaia (la de su domicilio fiscal), conforme a lo dispuesto en el artículo 27.1.3ª del mencionado Concierto Económico.
3ª) Acordando la compensación a cargo del Estado de unas cuotas que debieron ingresarse a la Hacienda Foral de Bizkaia, se infringe el citado artículo 27.1.3ª del Concierto Económico, que dispone la tributación en la Diputación Foral correspondiente al domicilio fiscal del contribuyente cuando su volumen de operaciones en el ejercicio precedente no supere los seis millones de euros (en la redacción vigente al tiempo de los hechos de este litigio), cualquiera que sea el lugar donde se realizan aquéllas.
CUARTO.- Procede, por tanto, casar la sentencia de instancia y, conforme nos impone el artículo 95.2.d) de la Ley reguladora de esta jurisdicción, resolver el debate en los términos suscitados.
Al ser firme la decisión administrativa que resolvió que la cuota a devolver a Ciener por el ejercicio 2004 era de cero euros, no procede en el periodo de noviembre de 2008 realizar compensación alguna por una cantidad (3.577.095,80 euros) que no puede tomarse en consideración porque no coincide con la señalada con efectos de cosa juzgada mediante sentencia firme.
Siendo así, procede desestimar el recurso contencioso-administrativo interpuesto por Iberdrola, sin que, con carácter previo resulte menester plantear cuestión prejudicial de interpretación al Tribunal de Justicia de la Unión Europea, habida cuenta de que el litigio se resuelve sin necesidad de que ese órgano jurisdiccional fije la interpretación de norma alguna del ordenamiento jurídico de la Unión Europea cuya interpretación deba fijar el mencionado órgano jurisdiccional..."
