La última reforma fiscal establece que los autónomos que estén acogidos a módulos en sectores como la industria textil, alimentaria (excepto la industria del pan o la bollería) y la industria mecánica, así como los de la construcción e instaladores, tendrán que pasar a estimación directa a partir de 2016 y cambiar su sistema de liquidación del IVA a la fórmula general.
En el caso del comercio, la hostelería y el transporte, la norma determina que sólo saldrán de módulos los que facturen más de 250.000 euros o 125.000 en facturas a empresas. Estas cifras se modificaron en el último tramo de la tramitación de la Ley de Presupuestos para 2016, lo que, según UPTA, ha permitido dar cobertura a la mayoría de los autónomos de estos sectores de actividad.
El Ministerio de Hacienda ha dictado una Orden Ministerial por el que desarrolla para 2016 el régimen de estimación objetiva o por módulos de los autónomos. En dicha Orden se mantiene la reducción del 5% sobre el rendimiento neto de módulos derivada de los acuerdos alcanzados en la Mesa del Trabajo Autónomo desde el año 2010.