La Sala considera que para adoptar una resolución de este tipo está obligada a iniciar un nuevo procedimiento, siempre que no haya transcurrido el plazo de prescripción fijado.
El tribunal aplica esta nueva doctrina y confirma la anulación de dos resoluciones administrativas adoptadas en dos procedimientos de reintegro de subvenciones por haber transcurrido el plazo de caducidad de 12 meses previsto. En concreto, reconoce el derecho de la Fundación General de la Universidad de Alicante y de la Fundación Barredo al abono de 1.600.080 euros y de 157.500 euros, respectivamente, más los intereses devengados en ambos casos.
La controversia planteada por el abogado del Estado en sus recursos, que han sido desestimados, se centraba en la interpretación del artículo 42.4 de la Ley General de Subvenciones (Ley 38/2003, de 17 de noviembre), por el que se fija el plazo máximo de 12 meses para resolver y notificar la resolución de reintegro desde la fecha del acuerdo de inicio del mismo. Ese precepto añade que "si transcurre el plazo para resolver sin que se haya notificado resolución expresa, se producirá la caducidad del procedimiento, sin perjuicio de continuar las actuaciones hasta su terminación y sin que se considere interrumpida la prescripción por las actuaciones realizadas hasta la finalización del citado plazo".
Como existían divergencias interpretativas en torno a la caducidad del procedimiento y la interpretación y alcance de ese artículo 42.4 de la Ley General de Subvenciones, el tribunal aborda si hay que interpretarlo en el sentido de que "transcurrido el plazo de caducidad establecido para el procedimiento de reintegro podrá la Administración seguir las actuaciones hasta su terminación y dictar una resolución tardía, conllevando la caducidad únicamente la consecuencia de que las actuaciones caducadas no interrumpen la prescripción, o si, por el contrario, la caducidad comporta la finalización del procedimiento y la nulidad o invalidez de la resolución tardía, sin perjuicio de que pueda acordarse la incoación de un nuevo procedimiento siempre que no haya transcurrido el plazo de prescripción".
La Sala concluye que "modificando la doctrina fijada en la STS de 30 de julio de 2013 (recurso 213/2012), consideramos que la correcta interpretación del artículo 42.4 de la Ley 38/2003, de 17 de noviembre, General de Subvenciones implica que la declaración de caducidad de un procedimiento ha de tener como lógica consecuencia la invalidez de la resolución de fondo dictada en el mismo. De modo que la Administración para poder adoptar una decisión de fondo sobre la procedencia del reintegro está obligada a iniciar un nuevo procedimiento, siempre que no haya transcurrido el plazo de prescripción fijado".
Desde 2013, la Sala Tercera había interpretado este artículo en el sentido de que el transcurso del plazo legalmente marcado y la caducidad del procedimiento no impedían su continuación y que se dictara una resolución de fondo válida en el mismo sin necesidad de reiniciar otro distinto. Ahora, el tribunal se aparta de ese criterio al considerar que esa interpretación "es ilógica e intrínsecamente contradictoria, que ha generado numerosas dudas y consagra una práctica en la que la Administración incumple el plazo máximo de duración de los procedimientos de reintegro sin declarar la caducidad de los mismos, tal y como era su obligación, obligando a los afectados a ejercitar acciones destinadas a obtener la declaración de caducidad y a cuestionar la validez de la resolución dictada en el procedimiento caducado".
Frente a la mayoría, los magistrados Eduardo Espín y María Isabel Perelló firman un voto particular en el que afirman que coinciden con sus compañeros en que el artículo 42.4 de la Ley General de Subvenciones resulta contradictorio con la concepción y naturaleza de la caducidad, pero recuerdan que es una decisión del legislador "que ha querido limitar los efectos de la caducidad en un concreto procedimiento, el de reintegro de subvenciones, en el que están en juego fondos públicos. Sin duda, el legislador ha querido con ello facilitar la labor inspectora de la Administración y la eficacia en la recuperación de subvenciones por eventuales incumplimientos de las condiciones en las que se otorgaron. Tal propósito o, sobre todo, el procedimiento legal empleado, alterando las consecuencias naturales de la caducidad puede no ser compartido o, incluso, criticado, pero es una decisión del legislador expresa e inequívoca a mi modesto entender".
En su voto, afirman que el respeto a la voluntad del legislador "no debe verse empañado por pruritos de técnica o coherencia jurídicas respecto de disposiciones que no resulten contrarias al principio de legalidad, como tampoco debe serlo por interpretaciones bienintencionadas y voluntaristas encaminadas a una concepción expansiva de los derechos fundamentales más allá de lo que derive de manera inexcusable de mandatos constitucionales".