Resulta bastante habitual que la Administración tributaria inicie un procedimiento de comprobación limitada, transcurra el plazo máximo de duración previsto legalmente (seis meses), y, sin declarar su caducidad, lleve a cabo un procedimiento inspector sobre el mismo concepto y periodo impositivo.
La doctrina previa del Tribunal Supremo
Las SSTS de 21 (rec. cas. 8101/2021, 8105/2021 y 8213/2021) y 29 de septiembre de 2023 (rec. cas. 8100/2021 y 8103/2021), se habían pronunciado sobre esta cuestión, cuando el procedimiento de gestión tributaria caducado se había iniciado mediante declaración [arts. 123.1.b) y 128 a 130 de la Ley 58/2002, de 17 de diciembre, General Tributaria (en adelante, LGT)], fijando la siguiente doctrina:
"Sin declaración expresa de caducidad de un procedimiento de gestión tributaria iniciado mediante declaración, relativo a un determinado concepto tributario (obligación tributaria o elemento de la obligación tributaria) y período impositivo, no es posible iniciar un ulterior procedimiento de inspección respecto de dicho concepto tributario (obligación tributaria o elemento de la obligación tributaria) y período impositivo. Tampoco cabe incorporar en ese nuevo procedimiento los documentos y elementos de prueba obtenidos en el procedimiento caducado".
Su aplicación a los procedimientos de comprobación limitada
Por su parte, la STS de 16 de junio de 2025 (rec. cas. 688/2022) tiene por objeto determinar si es necesaria la declaración expresa de caducidad de un procedimiento de comprobación limitada para el inicio de uno inspector ulterior, sobre igual concepto y periodo impositivo (FJ 3º), fundamentado el interés casacional, entre otras cosas, en los criterios interpretativos divergentes en diferentes órganos judiciales.
La misma comienza afirmando que la “iniciación de oficio e iniciación por declaración del obligado tributario, no puede suponer ningún cambio de la doctrina constante y reiterada mantenida por este este Tribunal” y que hemos expuesto.
Para ello acude al 104 de la LGT, a cuyo tenor:
“4. En los procedimientos iniciados de oficio, el vencimiento del plazo máximo establecido sin que se haya notificado resolución expresa producirá los efectos previstos en la normativa reguladora de cada procedimiento de aplicación de los tributos.
En ausencia de regulación expresa, se producirán los siguientes efectos:
a) Si se trata de procedimientos de los que pudiera derivarse el reconocimiento o, en su caso, la constitución de derechos u otras situaciones jurídicas individualizadas, los obligados tributarios podrán entender desestimados por silencio administrativo los posibles efectos favorables derivados del procedimiento.
b) En los procedimientos susceptibles de producir efectos desfavorables o de gravamen se producirá la caducidad del procedimiento.
5. Producida la caducidad, ésta será declarada, de oficio o a instancia del interesado, ordenándose el archivo de las actuaciones.
Dicha caducidad no producirá, por sí sola, la prescripción de los derechos de la Administración tributaria, pero las actuaciones realizadas en los procedimientos caducados no interrumpirán el plazo de prescripción ni se considerarán requerimientos administrativos a los efectos previstos en el apartado 1 del artículo 27 de esta ley.
Las actuaciones realizadas en el curso de un procedimiento caducado, así como los documentos y otros elementos de prueba obtenidos en dicho procedimiento, conservarán su validez y eficacia a efectos probatorios en otros procedimientos iniciados o que puedan iniciarse con posterioridad en relación con el mismo u otro obligado tributario".
Interpretando este precepto considera la Sala que los efectos de la falta de declaración de caducidad figuran taxativamente formulados en el mismo:
a) La caducidad, si no se declara, no permite considerar válidas las actuaciones siguientes, a menos que fuera formalizada.
b) Las actuaciones seguidas, tras agotarse el plazo de caducidad, no permiten interrumpir la prescripción en favor de la Administración.
c) Por último, el principio de buena administración no es compatible con la supuesta libertad para declarar o no la caducidad cuando concurra [STS de 11 de abril de 2023 (rec. cas. 4566/2021)].
“Por tanto, no le es dable a la Administración declarar o no la caducidad de los procedimientos iniciados de oficio, a su voluntad o conveniencia, sino que debe declararla en todo caso, como consecuencia del transcurso del tiempo máximo autorizado en la ley”, siendo irrelevante que las actuaciones de comprobación limitada no sirvieron para el procedimiento inspector que incluía el mismo concepto tributario y periodo impositivo. A estos efectos reitera la doctrina jurisprudencial plasmada en la STS de 11 de abril de 2023, ya citada:
"1) La caducidad del procedimiento de gestión, susceptible de causar efectos desfavorables o de gravamen, ha de ser declarada obligatoriamente, sin que exista una pretendida facultad administrativa de no declararla.
2) Tal declaración de caducidad ha de ser expresa, conforme a lo dispuesto en el artículo 104.5 LGT, en relación con el artículo 103.2 del mismo texto legal (...).
3) No obstante, en los supuestos de caducidad -declarada- de un procedimiento de gestión tributaria anterior al inicio de otro, relativo a la misma obligación, pese a que rige el deber incondicional, no potestativo, de declarar la caducidad, ello no impide que pudieran conservar su validez y eficacia, a efectos probatorios, las actuaciones seguidas en otros procedimientos iniciados con posterioridad, siempre que se hubiera declarado la caducidad del primero -lo que en este caso no ha sucedido- y no hubiera vencido el plazo de prescripción".
Por tanto, la consecuencia de la falta de declaración expresa de caducidad del procedimiento de comprobación limitada es que no permite considerar válidas las actuaciones siguientes, en este caso desarrolladas en uno inspector, con el mismo concepto tributario y periodo impositivo. “Dicho de otra forma, habiéndose producido la caducidad del procedimiento de comprobación limitada, lo que no se discute, es preciso que la misma sea declarada de manera expresa antes de iniciar el mismo procedimiento u otro distinto, en relación con el mismo concepto tributario y periodo impositivo, pues no se permite considerar válidas las actuaciones siguientes, a menos que fuera formalizada”.
Es cierto que el art. 139.1c) LGT establece la posible terminación del procedimiento de comprobación limitada por "el inicio de un procedimiento inspector que incluya el objeto de la comprobación limitada". Ahora bien, es necesario la declaración de caducidad del primero, de oficio o a instancia del interesado, ordenándose el archivo de las actuaciones, ya sea por separado o en el mismo acuerdo de iniciación del nuevo.
Su inexistencia no puede ser calificada como una mera irregularidad no invalidante, “pues al margen de la que la infracción de la norma sobre caducidad no discurre en el terreno de los vicios estrictamente procedimentales, sino que posee efectos sustantivos, es que, además, éstos vienen regulados de modo claro y terminante en la ley: de una parte, provoca la terminación del procedimiento; de otra, ha de ser declarada, incondicionalmente; por otra parte, hace perder el efecto interruptivo de la prescripción extintiva surgido con ocasión de la apertura del procedimiento cuyo plazo se ha agotado; y, finalmente, cuando ello sea posible, no impide a la Administración conservar las actuaciones anteriormente seguidas, siempre que se hubiera declarado la caducidad y no sobreviniera la prescripción”.
Conclusión
Como conclusión, la doctrina jurisprudencial que se establece, es la siguiente (FJ 4º):
“1. Se ratifica la doctrina jurisprudencial reiterada de esta Sala atinente a que la caducidad del procedimiento de gestión, susceptible de causar efectos desfavorables o de gravamen, ha de ser declarada obligatoriamente, sin que exista una pretendida facultad administrativa de no declararla. Tal declaración de caducidad ha de ser expresa, conforme a lo dispuesto en el artículo 104.5 LGT, en relación con el artículo 103.2 del mismo texto legal”.
Según este último precepto, no existirá obligación de resolver expresamente en los procedimientos relativos al ejercicio de derechos que solo deban ser objeto de comunicación por el obligado tributario y en los que se produzca la caducidad, la pérdida sobrevenida del objeto del procedimiento, la renuncia o el desistimiento de los interesados. No obstante, cuando el interesado solicite expresamente que la Administración tributaria declare que se ha producido alguna de las referidas circunstancias, quedará obligada a contestar a su petición.
“2. La falta de declaración expresa de caducidad de un procedimiento de comprobación limitada, relativo a un determinado concepto tributario (obligación tributaria o elemento de la obligación tributaria) y período impositivo, determina la invalidez del inicio de un ulterior procedimiento de inspección respecto de dicho concepto tributario (obligación tributaria o elemento de la obligación tributaria) y período impositivo”.
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