Sin embargo, sí anula el artículo 43 y el Anexo IX del mismo porque el gobierno extremeño no justificó su decisión de no incluir esta asignatura entre las materias específicas que deben ofrecerse en el segundo curso de Bachillerato.
De esta manera, estima en parte el recurso interpuesto por el Arzobispado de Mérida-Badajoz, Obispado de Coria-Cáceres, Obispado de Plasencia y la Asociación de Padres de la Escuela Pública de Extremadura contra la sentencia del Tribunal Superior de Justicia de Extremadura que, además de este punto, había anulado también los dos relativos a la carga lectiva asignada a la asignatura de Religión en la ESO y en primer curso de Bachillerato.
Respecto a que la asignatura de Religión se imparta en todos los cursos de la ESO durante una hora a la semana a todos los alumnos, el tribunal no considera que "esa sea una carga lectiva irrelevante o, al menos, no se ha demostrado que en ese tiempo sea imposible desarrollar un programa didáctico coherente y completo de enseñanza de la Religión católica que, al fin y al cabo, es de lo que se discute".
La sentencia explica que no se trata de si una asignatura o materia se enseña durante más o menos horas sino de si las que se le asignan en la programación o en el currículo escolar son las necesarias para impartirla adecuadamente. La sentencia alude a la Orden ECD/1361/2015 que asigna una hora semanal a la Religión en toda la ESO y afirma que "si el Ministerio de Educación, Cultura y Deporte, Administración educativa estatal, en cuyas manos están los principales resortes en materia de enseñanza, ha considerado suficiente esa carga horaria es porque permite o es suficiente para desarrollar adecuadamente la educación religiosa".
Sobre el tratamiento que se le da a esta asignatura en el primer curso de Bachillerato, indica que "la virtualidad discriminatoria de las combinaciones posibles se ve, sin embargo, disuelta por el hecho de que ningún alumno está obligado a elegir ni Religión ni Ética y ciudadanía pues una y otra son de libre elección como las demás asignaturas específicas previstas salvo Educación Física que es la única obligatoria en este curso. Los centros están obligados a ofrecer las restantes asignaturas específicas pero los alumnos eligen libremente las que quieren seguir. Por otra parte, no parece excesivo seguir tres asignaturas en vez de dos si la carga horaria es la misma ni vemos incompatibilidad en que quienes opten por la Religión estudien también Ética y Ciudadanía, ni que los que hayan preferido ésta conozcan los fundamentos de la Religión".
En relación con la no inclusión de la Religión como materia específica que debe ofrecerse en el segundo curso de Bachillerato, el tribunal afirma que la Ley orgánica 2/2006 incluye la Religión entre las asignaturas específicas dentro de las que los alumnos de segundo curso de Bachillerato han de elegir un mínimo de dos y un máximo de tres. Añade que su artículo 34 ter.4 y el artículo 28.4 del Real Decreto 1105/2014 no dejan lugar a dudas al respecto, aunque señala que también precisan que esa elección de los alumnos estará en función de la regulación y de la programación de la oferta educativa de los centros docentes.
La sentencia explica que si se quiere entender esa funcionalidad en el sentido de que permite prescindir de la Religión entre las asignaturas que son objeto de elección, deberá explicarse por qué. "Es decir, habrá que explicar que las características de esa regulación y programación son de tal naturaleza que justifican la ausencia de Religión entre las asignaturas específicas dentro de las que los alumnos de segundo curso de Bachillerato han de efectuar su elección y no encontramos en este caso esa justificación".
El tribunal se plantea la interpretación que ha de hacerse del artículo II del Acuerdo entre el Estado español y la Santa Sede sobre Enseñanza y Asuntos Culturales de 3 de enero de 1979 (BOE de 15/12/1979), que exige que los planes educativos en los niveles de Educación Preescolar, de Educación General Básica (EGB) y de Bachillerato Unificado Polivalente (BUP) y Grados de Formación Profesional correspondientes a los alumnos de las mismas edades incluyan la enseñanza de la religión católica en todos los Centros de Educación, en condiciones equiparables a las demás disciplinas fundamentales. Al mismo tiempo, aborda el tratamiento que ha de darse a la clase de Religión en la Educación Secundaria Obligatoria y su régimen en el Bachillerato.
En este sentido, los magistrados subrayan que "condiciones equiparables no significa condiciones idénticas. Pues bien, a nuestro juicio, la precisión de esas nociones debe hacerse atendiendo principalmente a elementos cualitativos, no a los cuantitativos pues el carácter fundamental de una materia es en sí mismo un factor de cualidad. En este caso, los criterios determinantes de esa dimensión son los que se aceptan pacíficamente por las partes: la Religión -como su alternativa- es una asignatura obligatoria en la Educación Secundaria Obligatoria y de necesaria oferta en el Bachillerato, debe ser superada para pasar al siguiente curso y se computa a efectos de becas y del acceso a Universidad".
La Sala concluye que las "condiciones equiparables a las demás disciplinas fundamentales" a que se refiere el artículo II del Acuerdo al cual se remite la disposición adicional segunda de la Ley Orgánica 2/2006 se satisfacen dando a la Religión el mismo trato que a las asignaturas específicas y no requiere una carga horaria determinada sino la necesaria para su enseñanza adecuada sin que la citada disposición adicional imponga otros requisitos. Añade que el artículo 6 bis.2 c) de la Ley Orgánica 2/2006 faculta a las Administraciones educativas y, en particular, a la Junta de Extremadura a fijar en más o en menos la carga horaria de la Religión y su alternativa, siempre que se respete la condición anterior. En tercer lugar, indica que el artículo 34 ter.4 de la Ley Orgánica 2/2006 obliga a incluir la Religión también en segundo de Bachillerato entre las asignaturas objeto de elección, salvo que razones derivadas de la programación y de la oferta educativa, debidamente explicadas, justifiquen no hacerlo.