El primer destino de Javier Hernández García tras ingresar en la Carrera Judicial en 1990 fue el juzgado de primera instancia e instrucción de El Vendrell, donde permaneció hasta que fue nombrado magistrado de la Audiencia Provincial de Lleida en 1992. Un año después, se trasladó a Tarragona como titular de un juzgado de primera instancia e instrucción, órgano en el que prestó servicio durante tres años.
En 1996, fue nombrado magistrado de la Audiencia Provincial de Tarragona, de la que fue presidente desde 2004 hasta enero de 2020. En la actualidad, es presidente de la Sección de Apelación Penal del Tribunal Superior de Justicia de Cataluña.
En el ámbito docente, Hernández García ha ejercido como profesor en la Escuela Judicial entre 1999 y 2003; en la Universidad Pompeu Fabra de Barcelona como profesor conferenciante en el área de Derecho Constitucional (2007-2009) y como profesor del área de Derecho Procesal de la Facultat de Dret de la Universitat Rovira i Virgili (1994-1999). Entre otras actividades docentes, ha sido también profesor del master de acceso a la Abogacía de ambas universidades entre 2009 y 2015 y profesor del master Compliance Penal de la Facultad de Derecho de la Universidad de Barcelona entre 2015 y 2018.
Autor de numerosas publicaciones, figuran entre las más recientes “Notas sobre la Directiva 2011/99, reguladora de la orden europea de protección”, “Niños y niñas con discapacidad, victimización en el proceso penal: algunas reflexiones”, “Ética judicial y deberes de motivación”, todas ellas de 2019. Y “Artículo 17: el derecho a la libertad personal” y “El juez ante los nuevos retos”, de 2018.
Ha impartido clases y dirigido cursos del CGPJ tanto en el ámbito de la formación continua de jueces y magistrados como en el de la formación inicial. En ellos, ha analizado múltiples asuntos como la protección de las personas investigadas y acusadas vulnerables, discapacidad y menores, ética judicial, el proceso penal, Justicia y big data, valoración del riesgo en violencia de género o en estatuto de la víctima, entre otros.
También ha sido ponente y coordinador de cursos organizados por el Centre d’Estudis Juridics de la Generalitat de Cataluña.